Kantor Sekretariat Daerah Kab. Wonosobo terletak di Jl. Sindoro No.2-4, Wonosobo Timur, Wonosobo Tim., Kec. Wonosobo, Kabupaten Wonosobo, Jawa Tengah 56311. Berdasarkan Peraturan Bupati Kabupaten Wonosobo Nomor 67 Tahun 2021 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Uraian Tugas Pokok dan Fungsi serta Tata Kerja Sekretariat Daerah Kabupaten Wonosobo, Sekretariat Daerah dipimpin oleh Sekretaris Daerah yang berkedudukan di bawah dan bertanggung jawab kepada Bupati. Susunan Organisasi Sekretariat Daerah sebagai berikut:

a. Sekretaris Daerah;

b. Asisten Pemerintahan dan Kesejahteraan Rakyat, membawahi

1. Bagian Tata Pemerintahan 
2. Bagian Kesejahteraan Rakyat
3. Bagian Hukum

c. Asisten Perekonomian dan Pembangunan, membawahi:

1. Bagian Perekonomian
2. Bagian Administrasi Pembangunan
3. Bagian Pengadaan Barang/Jasa

d. Asisten Administrasi Umum

1. Bagian Umum
2. Bagian Organisasi
3. Bagian Protokol dan Komunikasi Pimpinan
4. Bagian Perencanaan dan Keuangan